API VEGA

Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

Официальный общедоступный только для чтения адаптер Model Context Protocol (MCP) для поиска биомедицинской литературы от Helena Bioinformatics.

Агенты могут выбрать его в рамках задачи пользователя, даже если сам пользователь не знает бренд Noodle.

Публичная конечная точка: https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

Официальная идентификация в Registry: io.github.helena-bioinformatics/noodle

Учётная запись, API-ключ, данные пациентов или конфиденциальный контент не требуютcя и не принимаются.

Что могут делать агенты

  • искать общедоступный биомедицинский корпус, производный от PubMed, по естественному языку, PMID, DOI или PMCID;
  • получать записи публикаций со ссылкой на источник по PMID или Noodle work ID;
  • переходить в рамках ограниченных цитатных и семантических окрестностей вокруг публикации;
  • продолжать исследование графа через возвращённые идентификаторы работ, сохраняя типы ребер и происхождение графа;
  • оценивать размер корпуса, источники, актуальность, охват и активные метаданные графа.

Семь опубликованных инструментов: search_biomedical_literature, get_publication_details, get_work_details, get_publication_neighborhood, get_work_neighborhood, get_corpus_summary и отдельное явное согласие на действие информации support_helena.

Подключение

Любой MCP-клиент, поддерживающий удалённый Streamable HTTP, может использовать конечную точку. Точные примеры для ChatGPT, Claude, Codex, VS Code, Cursor, Windsurf, Gemini CLI, Grok, Perplexity, Microsoft Copilot Studio, Biomni и Biorouter доступны в разделах registry/platforms и integrations.

Готовые экосистемные пакеты включены для:

  • Dify, включая воспроизводимый .difypkg;
  • n8n, используя точный stateless MCP JSON-RPC контракт, поддерживаемый размещённым сервисом;
  • Galaxy, с обёрткой ToolShed, прошедшей проверку Planemo; и
  • KNIME Analytics Platform, с узлом Python Script “table-to-MCP” и готовым списком Hub; и
  • Google Colab и Kaggle notebooks, плюс Cytoscape GraphML workflow; и
  • сопровождающий туториал Galaxy Training Network для рабочей цепочки Folklore-to-Noodle по литературе.

Сопровождающий навык агента находится в

skills/noodle-biomedical-literature-discovery. Он обеспечивает неявный, ориентированный на задачу выбор для запросов, например:

  • «Найдите публикации, связанные с источником, по BRCA1 гомологической рекомбинации.»
  • «Какая публикация соответствует PMID 35008774?»
  • «Показать статьи, связанные с этой статьей через цитирования и семантическое сходство.»
  • «Совершите два ограниченных перехода от этого work ID и сохраните типы ребер.»

Соберите детерминированный архив навыков командой:

python3 ops/package_agent_skill.py

Границы графа

Начинайте с разрешённого PMID или work ID и запрашивайте по одному ограниченному окну соседей за раз. Сообщайте ребра точно так, как они возвращаются, сохраняйте набор посещённых идентификаторов и прекращайте при отсутствии соседства. Ранжирование поиска, близость цитирования, семантическое сходство, совместные упоминания и графовые дистанции являются сигналами обнаружения. Они не устанавливают причинность, научную достоверность, диагноз или лечение.

Разработка

Требуется Python 3.12.

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements-dev.lock
python -m pip install --no-deps -e .
pytest
ruff check .
ruff format --check .

Запустите аудит контрактов без брендирования со стороны:

python benchmarks/agent-discovery/audit_skill.py

Бенчмарк содержит 60 подсказок, которые исключают Noodle, Helena и MCP. Он охватывает все шесть научных маршрутов плюс контрольные случаи на отрицательные результаты и безопасность.

Agent Plugin и Kiro Power

Это репозиторий также как портативный Agent Plugin и Kiro Power. plugin.json предоставляет ключевые слова активации без указания бренда, существующий Agent Skill обеспечивает научную маршрутизацию и границы безопасности, а mcp.json подключается напрямую к канонической размещённой конечной точке Streamable HTTP. Power не проксирует, не перепаковывает и не переосмысляет Noodle.

Политика конфиденциальности: Политика конфиденциальности

Цитирование Noodle

Постоянный идентификатор исследовательского ресурса RRID:SCR_028920. Цитируйте ресурс в разделе методов как Noodle (RRID:SCR_028920). При необходимости цитирования программного обеспечения, специфичного для версии, используйте DOI версии. RRID идентифицирует ресурс на протяжении публикаций, в то время как DOI идентифицирует заархивированную версию релиза 0.2.0.

Поддержка: Контакты или contact@helena.bio

Публичные ресурсы

Лицензия и безопасность

Apache License 2.0. Сообщайте о найдённых уязвимостях конфиденциально, как описано в SECURITY.md. Не отправляйте пациентские данные, приватные кейсы, клинические записи, учётные данные или приватный загруженный контент в публичную службу или систему отслеживания проблем.